Cornejo es un apellido castellano de origen toponímico. Los apellidos toponímicos son los que derivan del nombre del lugar donde vivía o tenía propiedades y tierras, el fundador del linaje. En este caso, dicho apellido se tomó directamente de "Cornejo", que es el nombre de una población de la provincia de Burgos, en Castilla La Vieja, y por consiguiente, el primer portador del apellido Cornejo fue alguien a quien los miembros de su comunidad identificaron como "oriundo o natural de Cornejo". El toponímico Cornejo deriva de la palabra castellana "cornejo", que a su vez deriva del latín "curniculus", que es un tipo de arbusto cornáceo muy ramoso.
Miembros de este linaje probaron su nobleza en las Ordenes Militares, como da fe de ello el "Indice de los Apellidos Probados de la Orden de Carlos I", en cuyo registro figuran Inés del Cornejo, Juan Cornejo y Antonia Cornejo y Guzmán. Dicho apellido pasó a América durante la época del descubrimiento, donde se tienen noticias de Doña Ana Cornejo, nacida en Salamanca en 1511, quien fue la esposa de Juan Alvarez Maldonado, que desempeñó el cargo de gobernador de Santiago de Chile. Otras referencias mencionan a Antonio Cornejo, nacido en Salvatierra de Tormes, en Salamanca, que fue abuelo de don Francisco de Avendaño y Valdivia, caballero de la Orden de Santiago; Mencía Cornejo, nacida en Santander en 1632, fue abuela de Miguel Uriarte y Borja, nacido en Quito (Ecuador), que también fue Caballero de la Orden de Santiago, y Miguel Cornejo, capitán de Arequipa y abuelo de Diego de los Ríos y Cornejo, nacido en Cuzco (Perú) en 1612. Fue Caballero de la Orden de Santiago y ocupó el cargo de Regidor de Cuzco.